フリーズドライの納豆は製造工程で、菌膜（納豆の表面の白い膜）が除去されます。この菌膜には納豆菌、ナットウキナーゼが存在しますので、除去された分だけ少なくなります。ただし、フリーズドライにすることで水分が減る分、各種成分は濃縮され、ナットウキナーゼについては通常の納豆よりも高い傾向にあります。
（参考値）
納豆 … 納豆菌 1.2×10の9乗 個/g、ナットウキナーゼ 30.3 FU/g フリーズドライ納豆 … 納豆菌 2.7×10の7乗 個/g、ナットウキナーゼ 46.7 FU/g